Строительство было начато дожем Джустиниано Партечипацио в 829 году, а завершено в 832 году его братом дожем Джованни Партечипацио. Поскольку здание первой базилики не сохранилось, то о её облике можно судить лишь по археологическим раскопкам, выполненным в ходе реставрации крипты собора, когда была обнаружена древняя кладка стен. Считается, что церковь была построена в форме латинской базилики типа равеннских (Сан-Витале) и занимала место нынешней крипты[3]. Купол, установленный над её центральной частью, находился над местом захоронения мощей апостола Марка.